Dostępna pamięć wewnętrzna Wii U w modelu z 8GB to 3GB
W zestawie z 32GB dostępne jest 25GB. System zajmuje 4.2GB.
Nintendo wyemitowało kolejny program z serii Nintendo Direct, w którym wyjaśniło ile pamięci wewnętrznej Wii U będzie tak naprawdę do dyspozycji użytkownika. W przypadku modelu z 8GB to 3GB,a z 32GB to 25 GB.
Po sformatowaniu pamięci, liczby zmniejszają się z 8GB do 7,2GB i z 32GB do 29GB. Po zainstalowaniu oprogramowania konsoli, system rezerwuje łącznie dodatkowo 4,2GB z dostępnej powierzchni dyskowej.
Patrząc na liczby, trzeba pamiętać, że dużo gier, również "pudełkowych", będzie można pobrać z cyfrowego sklepu Nintendo, a nośnik optyczny Wii U pozwala zapisać do 25GB danych.
W efekcie, w podstawowej wersji Wii U nie da się zapisać Nintendo Land (3,2GB). Teoretyzując, gdyby jakaś gra faktycznie zajmowała 25 GB, w pamięci modelu Premium mogłaby zmieścić się tylko jedna. Problematyczne może okazać się pobieranie dodatków.
Wii U obsługuje dyski zewnętrzne o pojemności do 2TB (2048 GB) włącznie. Nintendo nie zaleca wykorzystywania do zapisywania gier pamięci USB.